Tuz Gölü ve satelit sulak alanları (Kulu, Tersakan ve Bolluk Gölleri, Eşmekaya Sazlıkları), 2000 yılından beri Özel Çevre Koruma Bölgesi statüsüyle resmi koruma alanı olmasına rağmen, baskın su politikaları nedeniyle tamamen kuruma riskiyle karşı karşıyadır. Tuz Gölü kapalı havzasında yoğun olarak yürütülen sulu tarım faaliyetleri yasa dışı yeraltı kuyularına dayanmaktadır. Her yıl daha derine açılan kuyular havzayı doğal olarak besleyen taban suyunda düşüşe, kontrolü gittikçe zorlaşan bir çölleşme ve tuzlanmaya yol açmıştır. Bölgedeki tek tatlı su sistemini oluşturan Eşmekaya Sazlıkları 1996 yılında inşaatına başlanan barajla tamamen yitirilmiş ve sulak sisteme bağlı yerel ekonominin çöküşüne neden olmuştur.

Aksaray ili Kulu, Şereflikoçhisar, Cihanbeyli, Aksaray ilçelerinde Tuz Gölü kapalı su havzasının kuruması sorunu vardır. İklim değişikliği etkilerine ek olarak, başta şeker pancarı olmak üzere sulu tarım amacıyla bölgede açılan kaçak kuyular Tuz Gölü’nü 1987-2005 yılları arasında %60 civarında küçültmüştür. Bugün göl alanı yaklaşık 130,000ha’a inmiştir. Bölgede sulu tarım için yılda ortalama hektar başına 6000 m3 su kullanılmaktadır. 2000’li yılların başında Tuz Gölü’nü besleyen yeraltı suyunun miktarı yılda 740 hm3 civarındayken günümüzde bunun ciddi bir oranda azaldığı tahmin edilmektedir. Gün geçtikçe kuruyan gölün yanı sıra tuzcul ortama has endemik bitki türlerinin yoğunlaştığı yarı sulak habitatlar da etkilenmiştir. Eşmekaya Sazlıkları 1997 yılına kadar 11,250 ha’lık bir Önemli Kuş Alanı iken 6,700 ha sulama amaçlı inşa edilen Eşmekaya Barajı nedeniyle bugün sazlıklar tamamen kurumuş ve tüm ornitolojik çeşitlilik yok olmuştur. Ayrıca, Tuz Gölü’nün sahip olduğu doğal yapının gaz depolamaya müsait olduğundan yola çıkarak, Türkiye’nin doğal gaz arz güvenliğine yönelik, her birinin fiziksel hacmi 630 bin m3 olan, on iki üniteden oluşan bir depolama tesisi planlanmaktadır. Tesisin günlük Türkiye doğalgaz şebekesine 40 milyon m3 gaz verilebileceği öngörülmektedir. İhale süreci 2010’da başlayan Tuz Gölü Doğalgaz Depolama Tesisi yılda 1 milyar m3 doğalgaz depolanmasına olanak sağlayacak ve 2018’de tamamlanması beklenen bir projedir. Ancak mağaralardaki tuzların eritilmesi büyük miktarda temiz su kullanılmasını gerektirmekte ve bölgede halihazırda az bulunan su kaynaklarına baskı oluşturmaktadır. Tatlı suyun Özel Çevre Koruma Bölgesi dışında kalan Hirfanlı Barajından (120 km mesafe) getirilmesi söz konusudur. Projenin gerçekleşeceği alanın Aksaray-Şereflikoçhisar arasındaki fay hattına olan yakınlığından ve yaratabileceği potansiyel bir felaketten ötürü de sorgulandığı bilinmektedir. Alandaki proje şirketleri China Tianchen Engineering Corporation, ATLAS Petrol Gaz İthalat İhracat, BOTAŞ, DSİ'dir.